(一)综合处。负责机关日常工作的统筹协调和具体落实督办，承担公文处理、文书档案、财务审计、固定资产管理、机要保密、安全生产和后勤保障等工作;负责组织协调各类内部工作会议;负责制定实施机关内部管理规章制度;负责汇总提出省委深改委、省委自贸工委年度工作要点;负责人大代表、政协委员所提意见建议和提案的办理工作;负责机关办公自动化建设和网络信息管理工作。  向中央相关单位报告海南自由贸易港建设进展情况;负责牵头组织省委深改委、省委自贸港工委及其办公室会议。

(二)人事处。负责机关人事调配、干部管理、机构编制、教育培训、人才和劳动工资管理等工作;负责干部考核、奖惩评定工作;负责机关离退休干部的联系服务工作。

(三)风险防控处。负责研究制订风险防控工作制度机制、年度计划、防控措施;统筹协调推动海南自由贸易港建设风险防控工作;开展风险防控调查研究和宣传教育工作;指导监督各领域开展风险防控工作，协调省直部门、市县排查重点风险;起草向中央相关单位呈报的海南自由贸易港建设风险防控情况报告。

(四)督察处。负责督促检查中央全面深化改革委员会、推进海南全面深化改革开放领导小组和国务院自由贸易试验区工作部际联席会议涉及海南的决策部署以及省委深改委、省委自贸工委会议决定事项的落实情况;负责督促落实上级领导批示交办事项;负责督察各专项专题小组工作落实情况;负责汇总起草工作落实情况报告;负责围绕全面深化改革和自由贸易试验区(自由贸易港)建设的难点热点问题开展督促调研。

(五)政策法规处。负责组织起草省委深改委、省委自贸工委综合文件材料;负责推进海南全面深化改革开放和建设自由贸易试验区(自由贸易港)政策法规研究;负责接受市县、部门报送的深化改革和自由贸易港建设的备案工作;负责协调改革重要问题的研究和咨询，并提出意见建议;负责跟踪评估全面深化改革和自由贸易港政策法规实施情况，指导各相关单位做好政策法规相关配套制度建设工作。

(六)改革和制度创新处。负责围绕海南全面深化改革和自由贸易港建设涉及跨部门、跨领域、跨区域的难点热点问题组织推动提出改革意见或者措施;研究提出全省中长期改革规划建议;协调推动各专项专题小组提出改革方案，并牵头组织各专项专题小组联络员会议;研究处理有关方面提出的重要改革事项及相关请示，协调落实相关调研工作;研究海南自由贸易港制度创新(包括制度集成创新)，提出政策建议;指导、推动、评估、考核各市县各部门(单位)开展制度创新(包括制度集成创新)工作;负责推动国内其他自由贸易试验区制度创新成果在海南落地实施。

(七)交流协作处。负责对接中央全面深化改革委员会办公室、推进海南全面深化改革开放领导小组办公室、国务院自由贸易试验区工作部际联席会议办公室;负责拟订海南全面深化改革和建设自由贸易试验区(自由贸易港)对外合作交流计划并组织实施;负责推进与国外自贸区交流合作，开展与粤港澳大湾区以及国内其他自由贸易试验区的交流合作。

(八)宣传处。负责组织开展宣传工作，总结推介全省全面深化改革和推进自由贸易港建设的典型经验;负责收集汇总全面深化改革和自由贸易试验区(自由贸易港)建设问题的信息资料;负责统计自由贸易港公共信息和有关数据;负责营商环境案例调研工作，推动营商环境改善;负责联系对接各类媒体，筹备新闻发布会，编发工作专报。

(九)机关党委。负责机关党的建设和纪检工作，领导机关工会、共青团、妇联等群团组织的工作。